Holistic Integrative Oncology(HIO)是由中国抗癌协会与Springer Nature出版集团强强联合打造的一本英文期刊,主编为中国抗癌协会理事长樊代明院士。HIO是面向全球开放的自由获取同行评议期刊,设有专家述评、CACA指南、研究综述和原创论著等栏目。目前,2024 年第10期已正式上线,可通过此链接浏览全文:https://www.springer.com/journal/44178/,敬请各位读者阅读和引用。以下为本期原创论著的中英文摘要。
空间转录组揭示葡萄膜黑色素瘤基因表达特征
通讯作者:魏文斌
首都医科大学附属北京同仁医院
【摘要】
目的:葡萄膜黑色素瘤(UM)是成人最常见的眼内恶性肿瘤。既往研究已经阐明了肿瘤的异质性。然而,肿瘤微环境中肿瘤细胞的空间分布特征及其与肿瘤进展的相关性仍需要进一步探索。本研究旨在分析细胞分布模式与UM预后的相关性。
方法:在本研究中,作者对两例UM组织样本进行了空间转录组(ST)测序,并描述了不同类型细胞的分布模式。我们用GO和KEGG基因富集分析、蛋白质相互作用网络(PPI)确定不同细胞群的生物学功能,并利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)对差异表达基因(DEG)进行生存分析,证明了细胞分布与临床预后的相关性。
结果:我们的研究结果发现,在肿瘤细胞中,存在两种不同的细胞分布模式。呈局灶分布的肿瘤细胞具有核糖体合成及rRNA相关通路。相比之下,呈弥漫分布的肿瘤细胞亚群则与高脂肪代谢水平相关。我们推测这种分布模式及生物学功能与提供能量支持肿瘤生长有关。弥漫分布的肿瘤细胞与侵袭性生长相关,并参与广泛的细胞相互作用,如胶质生成通路。此外,拟时序分析表明,肿瘤细胞由基底区域向肿瘤顶端迁移生长。TCGA与GEO数据库分析表明,散在分布的肿瘤细胞群特征表达基因与不良预后相关。
结论:本研究首次绘制UM的空间转录组图谱。这些研究结果揭示了与不同生物学功能相关的肿瘤细胞空间分布模式,并指出具有较高侵袭性的肿瘤细胞亚群是潜在的临床治疗靶点。总之,本研究概述了UM的空间转录组特征,并首次在空间水平探索了UM的肿瘤异质性。
【关键词】葡萄膜黑色素瘤;空间转录组;肿瘤异质性;预后
文章链接:https://link.springer.com/article/10.1007/s44178-024-00138-0?sessionid=2004129205
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