广州医科大学附属第五医院肿瘤科、泌尿外科、普通外科是广东省省级临床重点专科，康复医学科、泌尿外科是广州市重点学科，肿瘤科、康复医学科、泌尿外科是广州医科大学重点专科。康复医学科是广州市重点培育专科，医院为广州市康复医学科医疗质量控制中心依托单位和广州市护理重点专科建设单位。医院重视五大中心建设，加强广州东部应急体系。医院是广州市区域急救医疗中心（东片区），医院胸痛中心是黄埔区首家国家认证的胸痛中心，卒中中心纳入广州市（第二批）卒中急救地图医院。在黄埔区政府的支持下，医院与西班牙巴塞罗那医院共建“广医五院-巴塞罗那医院心脏中心”。为填补广州东部特色专科短板，医院与高水平专科医院共建儿童肿瘤合作病区、鼻咽癌外科合作病区、肿瘤内科合作病区，成立广州东部首家“血液病治疗中心”和广州东部技术最全面、设备最齐全的消化内镜中心，为“双一流”学科建设打下坚实基础。

　　医院拥有广东省教育厅重点实验室1个（广东高校生物靶向诊治与康复重点实验室），广州市重点实验室1个（广州市加速康复腹部外科重点实验室）。现已建成以临床需求为核心的科研体系，医学研究中心下设前沿医学交叉研究中心、临床研究与转化中心、精准医学检验中心和药物临床试验研究中心。其中，药物临床试验研究中心I期临床研究病房建筑面积为1200㎡，设置50张观察床位，2张抢救床位，是广东省首个生物大分子I期临床试验中心。2020年，建筑面积2943.8㎡、总经费投入超1亿元的医学研究中心萝岗实验室正式启用。